Science Performed At MFX
T. N. Malla, L. Aldama, V. Leon, D. Feliz, H. Hu, I. Thomas, A. Cellini, W. Y. Wahlgren, A. Nimmrich, S. Botha, R. Sierra, M. S. Hunter, F. Poitevin, S. Lisova, A. Batyuk, G. Gate, R. Jernigan, C. J. Kupitz, P. Maj, P. Meszaros, M. Kurttila, L. Monrroy, F. Luo, S. Owada, J. Kang, C. Slavov, M. Maj, C. Gautier, M. Kashipathy, A. Tolstikova, V. Mariani, A. Barty, F. Moss, P. Schwander, H. Liu, S. Boutet, P. Fromme, H. Takala, J. A. Ihalainen, U. Weierstall, S. Westenhoff, E. A. Stojkovic and M. Schmidt, "
Observation of early events in the photoactivation of Myxobacterial phytochrome using time-resolved serial femtosecond crystallography",
Commun Chem 8, (2025) doi: 10.1038/s42004-025-01578-z
L. Sauthof, M. Szczepek, A. Schmidt, A. Bhowmick, M. Dasgupta, M. J. Mackintosh, S. Gul, F. D. Fuller, R. Chatterjee, I. D. Young, N. Michael, N. A. Heyder, B. Bauer, A. Koch, I. Bogacz, I.-S. Kim, P. S. Simon, A. Butryn, P. Aller, V. U. Chukhutsina, J. M. Baxter, C. D. M. Hutchison, D. Liebschner, B. Poon, N. K. Sauter, M. D. Miller, u. George N. Phillips Jr., R. Alonso-Mori, M. S. Hunter, A. Batyuk, S. Owada, K. Tono, R. Tanaka, J. J. van Thor, N. Krauß, T. Lamparter, A. S. Brewster, I. Schapiro, A. M. Orville, V. K. Yachandra, J. Yano, P. Hildebrandt, J. F. Kern and P. Scheerer, "
Serial-femtosecond crystallography reveals how a phytochrome variant couples chromophore and protein structural changes",
Sci. Adv. 11, (2025) doi: 10.1126/sciadv.adp2665
A. Moreno, I. Quereda-Moraleda, C. Lozano-Vallhonrat, M. Buñuel-Escudero, S. Botha, C. Kupitz, S. Lisova, R. Sierra, V. Mariani, P. Schleissner, L. B. Gee, K. Dörner, C. Schmidt, H. Han, M. Kloos, P. Smyth, J. Valerio, J. Schulz, R. de Wijn, D. V. M. Melo, A. Round, F. Trost, E. Sobolev, E. Juncheng, M. Sikorski, R. Bean, M. Martínez-Júlvez, J. M. Martin-Garcia and M. Medina, "
New insights into the function and molecular mechanisms of Ferredoxin-NADP+ reductase from Brucella ovis",
Arch. Biochem. Biophys. 110204 (2024) doi: 10.1016/j.abb.2024.110204
G. Lin, C. O. Barnes, S. Weiss, B. Dutagaci, C. Qiu, M. Feig, J. Song, A. Lyubimov, A. E. Cohen, C. D. Kaplan and G. Calero, "
Structural basis of transcription: RNA polymerase II substrate binding and metal coordination using a free-electron laser",
Proc. Natl. Acad. Sci. USA 121, e2318527121 (2024) doi: 10.1073/pnas.2318527121
J. Griffiths, A. F. Suzana, L. Wu, S. D. Marks, V. Esposito, S. Boutet, P. G. Evans, J. F. Mitchell, M. P. M. Dean, D. A. Keen, I. Robinson, S. J. L. Billinge and E. S. Bozin, "
Resolving length-scale-dependent transient disorder through an ultrafast phase transition",
Nat. Mater. (2024) doi: 10.1038/s41563-024-01927-8
C. Antolini, V. Sosa Alfaro, M. Reinhard, G. Chatterjee, R. Ribson, D. Sokaras, L. Gee, T. Sato, P. L. Kramer, S. L. Raj, B. Hayes, P. Schleissner, A. T. Garcia-Esparza, J. Lim, J. ,. J. T. B. Babicz, A. H. Follmer, S. Nelson, M. Chollet, R. Alonso-Mori and T. B. v. van Driel, "
The Liquid Jet Endstation for Hard X-ray Scattering and Spectroscopy at the Linac Coherent Light Source",
Molecules 29, 2323 (2024) doi: 10.3390/molecules29102323
N. Smith, M. Dasgupta, D. C. Wych, C. Dolamore, R. G. Sierra, S. Lisova, D. Marchany-Rivera, A. E. Cohen, S. Boutet, M. S. Hunter, C. Kupitz, F. Poitevin, F. R. Moss, D. W. Mittan-Moreau, A. S. Brewster, N. K. Sauter, I. D. Young, A. M. Wolff, V. K. Tiwari, N. Kumar, D. B. Berkowitz, R. G. Hadt, M. C. Thompson, A. H. Follmer, M. E. Wall and M. A. Wilson, "
Changes in an enzyme ensemble during catalysis observed by high-resolution XFEL crystallography",
Sci. Adv. 10, eadk7201 (2024) doi: 10.1126/sciadv.adk7201
J. P. Blaschke, A. S. Brewster, D. W. Paley, D. Mendez, A. Bhowmick, N. K. Sauter, W. Kröger, M. Shankar, B. Enders and D. Bard, "
Real-time XFEL data analysis at SLAC and NERSC: A trial run of nascent exascale experimental data analysis",
Concurrency Computat Pract Exper. 36, (2024) doi: 10.1002/cpe.8019
C. Burcklen, C. Vennari, C. Mcguire, J. Alameda, J. Robinson, A. Aquila, M. Seaberg, K. Sokolowski-Tinten, T. J. Albert, S. P. Hau-Riege and B. Kozioziemski, "
Towards single-shot, time-resolved tomography using a crystal-based, multi-beam X-ray split-and-delay line",
Nucl. Instrum. Meth. Phys. Res. A 1058, 168830 (2024) doi: 10.1016/j.nima.2023.168830
D. Mendez, J. M. Holton, A. Y. Lyubimov, S. Hollatz, I. I. Mathews, A. Cichosz, V. Martirosyan, T. Zeng, R. Stofer, R. Liu, J. Song, S. McPhillips, M. Soltis and A. E. Cohen, "
Deep residual networks for crystallography trained on synthetic data",
Acta Crystallogr. D 80, 26 (2024) doi: 10.1107/S2059798323010586
R. C. Nguyen, I. Davis, M. Dasgupta, Y. Wang, P. S. Simon, A. Butryn, H. Makita, I. Bogacz, K. Dornevil, P. Aller, A. Bhowmick, R. Chatterjee, I.-S. Kim, T. Zhou, D. Mendez, D. W. Paley, F. Fuller, R. Alonso Mori, A. Batyuk, N. K. Sauter, A. S. Brewster, A. M. Orville, V. K. Yachandra, J. Yano, J. F. Kern and A. Liu, "
In Situ Structural Observation of a Substrate- and Peroxide-Bound High-Spin Ferric-Hydroperoxo Intermediate in the P450 Enzyme CYP121",
J. Am. Chem. Soc. (2023) doi: 10.1021/jacs.3c04991
F. Wittwer, N. K. Sauter, D. Mendez, B. K. Poon, A. S. Brewster, J. M. Holton, M. E. Wall, W. E. Hart, D. J. Bard and J. P. Blaschke, "
Accelerating x-ray tracing for exascale systems using Kokkos",
Concurrency Computat Pract Exper. 36, (2023) doi: 10.1002/cpe.7944
A. Bhowmick, P. S. Simon, I. Bogacz, R. Hussein, M. Zhang, H. Makita, M. Ibrahim, R. Chatterjee, M. D. Doyle, M. H. Cheah, P. Chernev, F. D. Fuller, T. Fransson, R. Alonso-Mori, A. S. Brewster, N. K. Sauter, U. Bergmann, H. Dobbek, A. Zouni, J. Messinger, J. Kern, V. K. Yachandra and J. Yano, "
Going around the Kok cycle of the water oxidation reaction with femtosecond X-ray crystallography",
IUCrJ 10, (2023) doi: 10.1107/S2052252523008928
H. Lebrette, V. Srinivas, J. John, O. Aurelius, R. Kumar, D. Lundin, A. S. Brewster, A. Bhowmick, A. Sirohiwal, I.-S. Kim, S. Gul, C. Pham, K. D. Sutherlin, P. Simon, A. Butryn, P. Aller, A. M. Orville, F. D. Fuller, R. Alonso-Mori, A. Batyuk, N. K. Sauter, V. K. Yachandra, J. Yano, V. R. I. Kaila, B.-M. Sjöberg, J. Kern, K. Roos and M. Högbom, "
Structure of a ribonucleotide reductase R2 protein radical",
Science 382, 109 (2023) doi: 10.1126/science.adh81
Z. Liu, K. K. Gu, M. L. Shelby, D. Gilbile, A. Y. Lyubimov, S. Russi, A. E. Cohen, S. R. Narayanasamy, S. Botha, C. Kupitz, R. G. Sierra, F. Poitevin, A. Gilardi, S. Lisova, M. A. Coleman, M. Frank and T. L. Kuhl, "
A user-friendly plug-and-play cyclic olefin copolymer-based microfluidic chip for room-temperature, fixed-target serial crystallography",
Acta Crystallogr. D 79, 944 (2023) doi: 10.1107/S2059798323007027
I. Ishigami, R. G. Sierra, Z. Su, A. Peck, C. Wang, F. Poitevin, S. Lisova, B. Hayes, F. R. Moss, S. Boutet, R. E. Sublett, C. H. Yoon, S.-R. Yeh and D. L. Rousseau, "
Structural insights into functional properties of the oxidized form of cytochrome c oxidase",
Nat. Commun. 14, (2023) doi: 10.1038/s41467-023-41533-x
I. Ishigami, S. Carbajo, N. Zatsepin, M. Hikita, C. E. Conrad, G. Nelson, J. Coe, S. Basu, T. Grant, M. H. Seaberg, R. G. Sierra, M. S. Hunter, P. Fromme, R. Fromme, D. L. Rousseau and S.-R. Yeh, "
Detection of a Geminate Photoproduct of Bovine Cytochrome c Oxidase by Time-Resolved Serial Femtosecond Crystallography",
J. Am. Chem. Soc. (2023) doi: 10.1021/jacs.3c07803
T. N. Malla, K. Zielinski, L. Aldama, S. Bajt, D. Feliz, B. Hayes, M. Hunter, C. Kupitz, S. Lisova, J. Knoska, J. M. Martin-Garcia, V. Mariani, S. Pandey, I. Poudyal, R. G. Sierra, A. Tolstikova, O. Yefanov, C. H. Yoon, A. Ourmazd, P. Fromme, P. Schwander, A. Barty, H. N. Chapman, E. A. Stojkovic, A. Batyuk, S. Boutet, G. N. Phillips, L. Pollack and M. Schmidt, "
Heterogeneity in M. tuberculosis β-lactamase inhibition by Sulbactam",
Nat. Commun. 14, (2023) doi: 10.1038/s41467-023-41246-1
M. D. Doyle, A. Bhowmick, D. C. Wych, L. Lassalle, P. S. Simon, J. Holton, N. K. Sauter, V. K. Yachandra, J. F. Kern, J. Yano and M. E. Wall, "
Water Networks in Photosystem II Using Crystalline Molecular Dynamics Simulations and Room-Temperature XFEL Serial Crystallography",
J. Am. Chem. Soc. (2023) doi: 10.1021/jacs.3c01412
D. Doppler, M. Sonker, A. Egatz-Gomez, A. Grieco, S. Zaare, R. Jernigan, J. D. Meza-Aguilar, M. T. Rabbani, A. Manna, R. C. Alvarez, K. Karpos, J. Cruz Villarreal, G. Nelson, J.-H. Yang, J. Carrion, K. Morin, G. K. Ketawala, A. L. Pey, M. A. Ruiz-Fresneda, J. L. Pacheco-Garcia, J. A. Hermoso, R. Nazari, R. Sierra, M. S. Hunter, A. Batyuk, C. J. Kupitz, R. E. Sublett, S. Lisova, V. Mariani, S. Boutet, R. Fromme, T. D. Grant, S. Botha, P. Fromme, R. A. Kirian, J. M. Martin-Garcia and A. Ros, "
Modular droplet injector for sample conservation providing new structural insight for the conformational heterogeneity in the disease-associated NQO1 enzyme",
Lab Chip (2023) doi: 10.1039/d3lc00176h
A. Bhowmick, R. Hussein, I. Bogacz, P. S. Simon, M. Ibrahim, R. Chatterjee, M. D. Doyle, M. H. Cheah, T. Fransson, P. Chernev, I.-S. Kim, H. Makita, M. Dasgupta, C. J. Kaminsky, M. Zhang, J. Gätcke, S. Haupt, I. I. Nangca, S. M. Keable, A. O. Aydin, K. Tono, S. Owada, L. B. Gee, F. D. Fuller, A. Batyuk, R. Alonso-Mori, J. M. Holton, D. W. Paley, N. W. Moriarty, F. Mamedov, P. D. Adams, A. S. Brewster, H. Dobbek, N. K. Sauter, U. Bergmann, A. Zouni, J. Messinger, J. Kern, J. Yano and V. K. Yachandra, "
Structural evidence for intermediates during O2 formation in photosystem II",
Nature 617, 629 (2023) doi: 10.1038/s41586-023-06038-z
R. J. Jernigan, D. Logeswaran, D. Doppler, N. Nagaratnam, M. Sonker, J.-H. Yang, G. Ketawala, J. M. Martin-Garcia, M. L. Shelby, T. D. Grant, V. Mariani, A. Tolstikova, M. Z. Sheikh, M. C. Yung, M. A. Coleman, S. Zaare, E. K. Kaschner, M. T. Rabbani, R. Nazari, M. A. Zacks, B. Hayes, R. G. Sierra, M. S. Hunter, S. Lisova, A. Batyuk, C. Kupitz, S. Boutet, D. T. Hansen, R. A. Kirian, M. Schmidt, R. Fromme, M. Frank, A. Ros, J. J.-L. Chen, S. Botha and P. Fromme, "
Room-temperature structural studies of SARS-CoV-2 protein NendoU with an X-ray free-electron laser",
Structure (2023) doi: 10.1016/j.str.2022.12.009
F. Trost, K. Ayyer, D. Oberthuer, O. Yefanov, S. Bajt, C. Caleman, A. Weimer, A. Feld, H. Weller, S. Boutet, J. Koglin, N. Timneanu, J. von Zanthier, R. Röhlsberger and H. N. Chapman, "
Speckle contrast of interfering fluorescence X-rays",
J. Synchrotron Radiat. 30, (2023) doi: 10.1107/S1600577522009997
P. S. Simon, H. Makita, I. Bogacz, F. Fuller, A. Bhowmick, R. Hussein, M. Ibrahim, M. Zhang, R. Chatterjee, M. H. Cheah, P. Chernev, M. Doyle, A. S. Brewster, R. Alonso-Mori, N. K. Sauter, U. Bergmann, H. Dobbek, A. Zouni, J. Messinger, J. Kern, V. K. Yachandra and J. Yano, "
Capturing the sequence of events during the water oxidation reaction in photosynthesis using XFELs",
FEBS Lett. (2022) doi: 10.1002/1873-3468.14527
M. Sonker, D. Doppler, A. Egatz-Gomez, S. Zaare, M. T. Rabbani, A. Manna, J. C. Villarreal, G. Nelson, G. K. Ketawala, K. Karpos, R. C. Alvarez, R. Nazari, D. Thifault, R. Jernigan, D. Oberthür, H. Han, R. Sierra, M. S. Hunter, A. Batyuk, C. J. Kupitz, R. E. Sublett, F. Poitevin, S. Lisova, V. Mariani, A. Tolstikova, S. Boutet, M. Messerschmidt, J. D. Meza Aguilar, R. Fromme, J. M. Martin-Garcia, S. Botha, P. Fromme, T. D. Grant, R. A. Kirian and A. Ros, "
Electrically stimulated droplet injector for reduced sample consumption in serial crystallography",
Biophysical Reports 100081 (2022) doi: 10.1016/j.bpr.2022.100081
J. John, O. Aurelius, V. Srinivas, P. Saura, I.-S. Kim, A. Bhowmick, P. S. Simon, M. Dasgupta, C. Pham, S. Gul, K. D. Sutherlin, P. Aller, A. Butryn, A. M. Orville, M. H. Cheah, S. Owada, K. Tono, F. D. Fuller, A. Batyuk, A. S. Brewster, N. K. Sauter, V. K. Yachandra, J. Yano, V. R. Kaila, J. Kern, H. Lebrette and M. Högbom, "
Redox-controlled reorganization and flavin strain within the ribonucleotide reductase R2b–NrdI complex monitored by serial femtosecond crystallography",
eLIFE 11, (2022) doi: 10.7554/eLife.79226
F. B. Ertem, O. Guven, C. Buyukdag, O. Gocenler, E. Ayan, B. Yuksel, M. Gul, G. Usta, B. Cakilkaya, J. A. Johnson, E. H. Dao, Z. Su, F. Poitevin, C. H. Yoon, C. Kupitz, B. Hayes, M. Liang, M. S. Hunter, A. Batyuk, R. G. Sierra, G. Ketawala, S. Botha, Ç. Dag and H. DeMirci, "
Protocol for structure determination of SARS-CoV-2 main protease at near-physiological-temperature by serial femtosecond crystallography",
STAR Protocols 3, 101158 (2022) doi: 10.1016/j.xpro.2022.101158
C. J. Ohmer, M. Dasgupta, A. Patwardhan, I. Bogacz, C. Kaminsky, M. D. Doyle, P. Y.-T. Chen, S. M. Keable, H. Makita, P. S. Simon, R. Massad, T. Fransson, R. Chatterjee, A. Bhowmick, D. W. Paley, N. W. Moriarty, A. S. Brewster, L. B. Gee, R. Alonso-Mori, F. Moss, F. D. Fuller, A. Batyuk, N. K. Sauter, U. Bergmann, C. L. Drennan, V. K. Yachandra, J. Yano, J. F. Kern and S. W. Ragsdale, "
XFEL serial crystallography reveals the room temperature structure of methyl-coenzyme M reductase",
J. Inorg. Biochem. 230, 111768 (2022) doi: 10.1016/j.jinorgbio.2022.111768
E. Ayan, B. Yuksel, E. Destan, F. B. Ertem, G. Yildirim, M. Eren, O. M. Yefanov, A. Barty, A. Tolstikova, G. K. Ketawala, S. Botha, E. H. Dao, B. Hayes, M. Liang, M. H. Seaberg, M. S. Hunter, A. Batyuk, V. Mariani, Z. Su, F. Poitevin, C. H. Yoon, C. Kupitz, A. Cohen, T. Doukov, R. G. Sierra, Ç. Dag and H. DeMirci, "
Cooperative Allostery and Structural Dynamics of Streptavidin at Cryogenic- and Ambient-temperature",
Commun. Biol. 5, 73 (2022) doi: 10.1038/s42003-021-02903-7
O. Guven, M. Gul, E. Ayan, J. A. Johnson, B. Cakilkaya, G. Usta, F. B. Ertem, N. Tokay, B. Yuksel, O. Gocenler, C. Buyukdag, S. Botha, G. Ketawala, Z. Su, B. Hayes, F. Poitevin, A. Batyuk, C. H. Yoon, C. Kupitz, S. Durdagi, R. G. Sierra and H. DeMirci, "
Case Study of High-Throughput Drug Screening and Remote Data Collection for SARS-CoV-2 Main Protease by Using Serial Femtosecond X-ray Crystallography",
Crystals 11, 1579 (2021) doi: 10.3390/cryst11121579
T. Fransson, R. Alonso-Mori, R. Chatterjee, M. H. Cheah, M. Ibrahim, R. Hussein, M. Zhang, F. Fuller, S. Gul, I.-S. Kim, P. S. Simon, I. Bogacz, H. Makita, C. de Lichtenberg, S. Song, A. Batyuk, D. Sokaras, R. Massad, M. Doyle, A. Britz, C. Weninger, A. Zouni, J. Messinger, V. K. Yachandra, J. Yano, J. Kern and U. Bergmann, "
Effects of x-ray free-electron laser pulse intensity on the Mn Kß1,3 x-ray emission spectrum in photosystem II¿A case study for metalloprotein crystals and solutions",
Struct. Dyn. 8, 064302 (2021) doi: 10.1063/4.0000130
R. Hussein, M. Ibrahim, A. Bhowmick, P. S. Simon, R. Chatterjee, L. Lassalle, M. Doyle, I. Bogacz, I.-S. Kim, M. H. Cheah, S. Gul, C. de Lichtenberg, P. Chernev, C. C. Pham, I. D. Young, S. Carbajo, F. D. Fuller, R. Alonso-Mori, A. Batyuk, K. D. Sutherlin, A. S. Brewster, R. Bolotovsky, D. Mendez, J. M. Holton, N. W. Moriarty, P. D. Adams, U. Bergmann, N. K. Sauter, H. Dobbek, J. Messinger, A. Zouni, J. Kern, V. K. Yachandra and J. Yano, "
Structural dynamics in the water and proton channels of photosystem II during the S2 to S3 transition",
Nat. Commun. 12, 6531 (2021) doi: 10.1038/s41467-021-26781-z
S. M. Keable, A. Kölsch, P. S. Simon, M. Dasgupta, R. Chatterjee, S. K. Subramanian, R. Hussein, M. Ibrahim, I.-S. Kim, I. Bogacz, H. Makita, C. C. Pham, F. D. Fuller, S. Gul, D. Paley, L. Lassalle, K. D. Sutherlin, A. Bhowmick, N. W. Moriarty, I. D. Young, J. P. Blaschke, C. de Lichtenberg, P. Chernev, M. H. Cheah, S. Park, G. Park, J. Kim, S. J. Lee, J. Park, K. Tono, S. Owada, M. S. Hunter, A. Batyuk, R. Oggenfuss, M. Sander, S. Zerdane, D. Ozerov, K. Nass, H. Lemke, R. Mankowsky, A. S. Brewster, J. Messinger, N. K. Sauter, V. K. Yachandra, J. Yano, A. Zouni and J. Kern, "
Room temperature XFEL crystallography reveals asymmetry in the vicinity of the two phylloquinones in photosystem I",
Sci. Rep. 11, 21787 (2021) doi: 10.1038/s41598-021-00236-3
P. Rabe, J. J. A. G. Kamps, K. D. Sutherlin, J. D. S. Linyard, P. Aller, C. C. Pham, H. Makita, I. Clifton, M. A. McDonough, T. M. Leissing, D. Shutin, P. A. Lang, A. Butryn, J. Brem, S. Gul, F. D. Fuller, I.-S. Kim, M. H. Cheah, T. Fransson, A. Bhowmick, I. D. Young, L. O'Riordan, A. S. Brewster, I. Pettinati, M. D. Doyle, Y. J. Joti, S. O. Owada, K. Tono, A. Batyuk, M. S. Hunter, R. Alonso-Mori, U. Bergmann, R. L. Owen, N. K. Sauter, T. D. W. Claridge, C. V. Robinson, V. K. Yachandra, J. Yano, J. F. Kern, A. M. Orville and C. J. Schofield, "
X-ray free-electron laser studies reveal correlated motion during isopenicillin N synthase catalysis",
Sci. Adv. 7, eabh0250 (2021) doi: 10.1126/sciadv.abh0250
S. Durdagi, C. Dag, B. Dogan, M. Yigin, T. Avsar, C. Buyukdag, I. Erol, F. B. Ertem, S. Calis, G. Yildirim, M. D. Orhan, O. Guven, B. Aksoydan, E. Destan, K. Sahin, S. O. Besler, L. Oktay, A. Shafiei, I. Tolu, E. Ayan, B. Yuksel, A. B. Peksen, O. Gocenler, A. D. Yucel, O. Can, S. Ozabrahamyan, A. Olkan, E. Erdemoglu, F. Aksit, G. Tanisali, O. M. Yefanov, A. Barty, A. Tolstikova, G. K. Ketawala, S. Botha, E. H. Dao, B. Hayes, M. Liang, M. H. Seaberg, M. S. Hunter, A. Batyuk, V. Mariani, Z. Su, F. Poitevin, C. H. Yoon, C. Kupitz, R. G. Sierra, E. H. Snell and H. DeMirci, "
Near-physiological-temperature serial crystallography reveals conformations of SARS-CoV-2 main protease active site for improved drug repurposing",
Structure 29, 1 (2021) doi: 10.1016/j.str.2021.07.007
M. Ibrahim, N. W. Moriarty, J. Kern, J. M. Holton, A. S. Brewster, A. Bhowmick, U. Bergmann, A. Zouni, J. Messinger, V. K. Yachandra, J. Yano, H. Dobbek, N. K. Sauter and P. D. Adams, "
Reply to Wang et al.: Clear evidence of binding of Ox to the oxygen-evolving complex of photosystem II is best observed in the omit map",
Proc. Natl. Acad. Sci. USA 118, (2021) doi: 10.1073/pnas.2102342118
M.-Y. Lee, J. Geiger, A. Ishchenko, G. W. Han, A. Barty, T. A. White, C. Gati, A. Batyuk, M. S. Hunter, A. Aquila, S. Boutet, U. Weierstall, V. Cherezov and W. Liu, "
Harnessing the power of an X-ray laser for serial crystallography of membrane proteins crystallized in lipidic cubic phase",
IUCrJ 7, 976 (2020) doi: 10.1107/S2052252520012701
M. L. Shelby, D. Gilbile, T. D. Grant, W. J. Bauer, B. Segelke, W. He, A. C. Evans, N. Crespo, P. Fischer, T. Pakendorf, V. Hennicke, M. S. Hunter, A. Batyuk, M. Barthelmess, A. Meents, T. L. Kuhl, M. Frank and M. A. Coleman, "
Crystallization of ApoA1 and ApoE4 Nanolipoprotein Particles and Initial XFEL-Based Structural Studies",
Crystals 10, 886 (2020) doi: 10.3390/cryst10100886
V. Srinivas, R. Banerjee, H. Lebrette, J. C. Jones, O. Aurelius, I.-S. Kim, C. C. Pham, S. Gul, K. Sutherlin, A. Bhowmick, J. John, E. Bozkurt, T. Fransson, P. Aller, A. Butryn, I. Bogacz, P. S. Simon, S. Keable, A. Britz, K. Tono, K.-S. Kim, S.-Y. Park, S.-J. Lee, J. Park, R. Alonso-Mori, F. Fuller, A. Batyuk, A. Brewster, U. Bergmann, N. Sauter, A. M. Orville, V. K. Yachandra, J. Yano, J. D. Lipscomb, J. F. Kern and M. Högbom, "
High Resolution XFEL Structure of the Soluble Methane Monooxygenase Hydroxylase Complex with its Regulatory Component at Ambient Temperature in Two Oxidation States",
J. Am. Chem. Soc. (2020) doi: 10.1021/jacs.0c05613
M. Ibrahim, T. Fransson, R. Chatterjee, M. H. Cheah, R. Hussein, L. Lassalle, K. D. Sutherlin, I. D. Young, F. D. Fuller, S. Gul, I.-S. Kim, P. S. Simon, C. de Lichtenberg, P. Chernev, I. Bogacz, C. C. Pham, A. M. Orville, N. Saichek, T. Northen, A. Batyuk, S. Carbajo, R. Alonso-Mori, K. Tono, S. Owada, A. Bhowmick, R. Bolotovsky, D. Mendez, N. W. Moriarty, J. M. Holton, H. Dobbek, A. S. Brewster, P. D. Adams, N. K. Sauter, U. Bergmann, A. Zouni, J. Messinger, J. Kern, V. K. Yachandra and J. Yano, "
Untangling the sequence of events during the S2 → S3 transition in photosystem II and implications for the water oxidation mechanism",
Proc. Natl. Acad. Sci. USA 117, 12624 (2020) doi: 10.1073/pnas.2000529117
K. R. Miller, J. D. Paretsky, A. H. Follmer, T. Heinisch, K. Mittra, S. Gul, I.-S. Kim, F. D. Fuller, A. Batyuk, K. D. Sutherlin, A. S. Brewster, A. Bhowmick, N. K. Sauter, J. Kern, J. Yano, M. T. Green, T. R. Ward and A. S. Borovik, "
Artificial Iron Proteins: Modeling the Active Sites in Non-Heme Dioxygenases",
Inorg. Chem. (2020) doi: 10.1021/acs.inorgchem.9b03791
A. M. Wolff, I. D. Young, R. G. Sierra, A. S. Brewster, M. W. Martynowycz, E. Nango, M. Sugahara, T. Nakane, K. Ito, A. Aquila, A. Bhowmick, J. T. Biel, S. Carbajo, A. E. Cohen, S. Cortez, A. Gonzalez, T. Hino, D. Im, J. D. Koralek, M. Kubo, T. S. Lazarou, T. Nomura, S. Owada, A. J. Samelson, T. Tanaka, R. Tanaka, E. M. Thompson, H. van den Bedem, R. A. Woldeyes, F. Yumoto, W. Zhao, K. Tono, S. Boutet, S. Iwata, T. Gonen, N. K. Sauter, J. S. Fraser and M. C. Thompson, "
Comparing serial X-ray crystallography and microcrystal electron diffraction (MicroED) as methods for routine structure determination from small macromolecular crystals",
IUCrJ 7, 306 (2020) doi: 10.1107/S205225252000072X
J. Knoska, L. Adriano, S. Awel, K. R. Beyerlein, O. Yefanov, D. Oberthuer, G. E. P. Murillo, N. Roth, I. Sarrou, P. Villanueva-Perez, M. O. Wiedorn, F. Wilde, S. Bajt, H. N. Chapman and M. Heymann, "
Ultracompact 3D microfluidics for time-resolved structural biology",
Nat. Commun. 11, 657 (2020) doi: 10.1038/s41467-020-14434-6
E. S. Burgie, J. A. Clinger, M. D. Miller, A. S. Brewster, P. Aller, A. Butryn, F. D. Fuller, S. Gul, I. D. Young, C. C. Pham, I.-S. Kim, A. Bhowmick, L. J. O'Riordan, K. D. Sutherlin, J. V. Heinemann, A. Batyuk, R. Alonso-Mori, M. S. Hunter, J. E. Koglin, J. Yano, V. K. Yachandra, N. K. Sauter, A. E. Cohen, J. Kern, A. M. Orville, G. N. Phillips, Jr. and R. D. Vierstra, "
Photoreversible Interconversion of a Phytochrome Photosensory Module in the Crystalline State",
Proc. Natl. Acad. Sci. USA 117, 300 (2020) doi: 10.1073/pnas.1912041116
J. H. Artz, O. A. Zadvornyy, D. W. Mulder, S. M. Keable, A. E. Cohen, M. W. Ratzloff, S. G. Williams, B. Ginovska, N. Kumar, J. Song, S. E. McPhillips, C. Davidson, A. Y. Lyubimov, N. Pence, G. J. Schut, A. K. Jones, S. M. Soltis, M. Adams, S. Raugei, P. W. King and J. W. Peters, "
Tuning catalytic bias of hydrogen gas producing hydrogenases",
J. Am. Chem. Soc. 142, 1227 (2020) doi: 10.1021/jacs.9b08756
M. L. Shelby, D. Gilbile, T. D. Grant, C. Seuring, B. W. Segelke, W. He, A. C. Evans, T. Pakendorf, P. Fischer, M. S. Hunter, A. Batyuk, M. Barthelmess, A. Meents, M. A. Coleman, T. L. Kuhl and M. Frank, "
A fixed-target platform for serial femtosecond crystallography in a hydrated environment",
IUCrJ 7, (2019) doi: 10.1107/S2052252519014003
M. Dasgupta, D. Budday, S. H. P. d. Oliveira, P. Madzelan, D. Marchany-Rivera, J. Seravalli, B. Hayes, R. G. Sierra, S. Boutet, M. S. Hunter, R. Alonso-Mori, A. Batyuk, J. Wierman, A. Lyubimov, A. S. Brewster, N. K. Sauter, G. A. Applegate, V. K. Tiwari, D. B. Berkowitz, M. C. Thompson, A. E. Cohen, J. S. Fraser, M. E. Wall, H. van den Bedem and M. A. Wilson, "
Mix-and-inject XFEL crystallography reveals gated conformational dynamics during enzyme catalysis",
Proc. Natl. Acad. Sci. USA 116, 25634 (2019) doi: 10.1073/pnas.1901864116
A. Echelmeier, D. Kim, J. C. Villarreal, J. Coe, S. Quintana, G. Brehm, A. Egatz-Gomez, R. Nazari, R. G. Sierra, J. E. Koglin, A. Batyuk, M. S. Hunter, S. Boutet, N. Zatsepin, R. A. Kirian, T. D. Grant, P. Fromme and A. Ros, "
3D printed droplet generation devices for serial femtosecond crystallography enabled by surface coating",
J. Appl. Crystallogr. 52, (2019) doi: 10.1107/S1600576719010343
R. G. Sierra, A. Batyuk, Z. Sun, A. Aquila, M. S. Hunter, T. J. Lane, M. Liang, C. H. Yoon, R. Alonso-Mori, R. Armenta, J.-C. Castagna, M. Hollenbeck, T. O. Osier, M. Hayes, J. Aldrich, R. Curtis, J. E. Koglin, T. Rendahl, E. Rodriguez, S. Carbajo, S. Guillet, R. Paul, P. Hart, K. Nakahara, G. Carini, H. DeMirci, E. H. Dao, B. M. Hayes, Y. P. Rao, M. Chollet, Y. Feng, F. D. Fuller, C. Kupitz, T. Sato, M. H. Seaberg, S. Song, T. B. van Driel, H. Yavas, D. Zhu, A. E. Cohen, S. Wakatsukid and S. Boutet, "
The Macromolecular Femtosecond Crystallography Instrument at the Linac Coherent Light Source",
J. Synchrotron Radiat. 26, 346 (2019) doi: 10.1107/S1600577519001577
I. Ishigami, A. Lewis-Ballester, A. Echelmeier, G. Brehm, N. A. Zatsepin, T. D. Grant, J. D. Coe, S. Lisova, G. Nelson, S. Zhang, Z. F. Dobson, S. Boutet, R. G. Sierra, A. Batyuk, P. Fromme, R. Fromme, J. C. H. Spence, A. Ros, S.-R. Yeh and D. L. Rousseau, "
Snapshot of an oxygen intermediate in the catalytic reaction of cytochrome c oxidase",
Proc. Natl. Acad. Sci. USA (2019) doi: 10.1073/pnas.1814526116
G. Blaj, A. Dragone, C. J. Kenney, F. Abu-Nimeh, P. Caragiulo, D. Doering, M. Kwiatkowski, B. Markovic, J. Pines, M. Weaver, S. Boutet, G. Carini, C.-E. Chang, P. Hart, J. Hasi, M. Hayes, R. Herbst, J. Koglin, K. Nakahara, J. Segal and G. Haller, "
Performance of ePix10K, a high dynamic range, gain auto-ranging pixel detector for FELs",
AIP Conf. Proc. 2054, 060062 (2019) doi: 10.1063/1.5084693
J. Kern, R. Chatterjee, I. D. Young, F. D. Fuller, L. Lassalle, M. Ibrahim, S. Gul, T. Fransson, A. S. Brewster, R. Alonso-Mori, R. Hussein, M. Zhang, L. Douthit, C. d. Lichtenberg, M. H. Cheah, D. Shevela, J. Wersig, I. Seuffert, D. Sokaras, E. Pastor, C. Weninger, T. Kroll, R. G. Sierra, P. Aller, A. Butryn, A. M. Orville, M. Liang, A. Batyuk, J. E. Koglin, S. Carbajo, S. Boutet, N. W. Moriarty, J. M. Holton, H. Dobbek, P. D. Adams, U. Bergmann, N. K. Sauter, A. Zouni, J. Messinger, J. Yano and V. K. Yachandra, "
Structures of the intermediates of Kok’s photosynthetic water oxidation clock",
Nature 563, 421 (2018) doi: 10.1038/s41586-018-0681-2
T. Fransson, R. Chatterjee, F. D. Fuller, S. Gul, C. Weninger, D. Sokaras, T. Kroll, R. Alonso-Mori, U. Bergmann, J. Kern, V. K. Yachandra and J. Yano, "
X-ray Emission Spectroscopy as an in Situ Diagnostic Tool for X-ray Crystallography of Metalloproteins Using an X-ray Free-Electron Laser",
Biochemistry 57, 4629 (2018) doi: 10.1021/acs.biochem.8b00325
C. O. Barnes, H. B. Gristick, N. T. Freund, A. Escolano, A. Y. Lyubimov, H. Hartweger, A. P. West, A. E. Cohen, M. C. Nussenzweig and P. J. Bjorkman, "
Structural characterization of a highly-potent V3-glycan broadly neutralizing antibody bound to natively-glycosylated HIV-1 envelope",
Nat. Commun. 9, 1251 (2018) doi: 10.1038/s41467-018-03632-y
M. C. Veale, P. Adkin, P. Booker, J. Coughlan, M. J. French, M. Hart, T. Nicholls, A. Schneider, P. Seller, I. Pape, K. Sawhney, G. A. Carini and P. A. Hart, "
Characterisation of the high dynamic range Large Pixel Detector (LPD) and its use at X-ray free electron laser sources",
J. Inst. 12, (2017) doi: 10.1088/1748-0221/12/12/P12003
F. D. Fuller, S. Gul, R. Chatterjee, E. S. Burgie, I. D. Young, H. Lebrette, V. Srinivas, A. S. Brewster, T. Michels-Clark, J. A. Clinger, B. Andi, M. Ibrahim, E. Pastor, C. de Lichtenberg, R. Hussein, C. J. Pollock, M. Zhang, C. A. Stan, T. Kroll, T. Fransson, C. Weninger, M. Kubin, P. Aller, L. Lassalle, P. Bruer, M. D. Miller, M. Amin, S. Koroidov, C. G. Roessler, M. Allaire, R. G. Sierra, P. T. Docker, J. M. Glownia, S. Nelson, J. E. Koglin, D. Zhu, M. Chollet, S. Song, H. Lemke, M. Liang, D. Sokaras, R. Alonso-Mori, A. Zouni, J. Messinger, U. Bergmann, A. K. Boal, J. M. Bollinger, Jr., C. Krebs, M. Hgbom, G. N. Phillips, Jr., R. D. Vierstra, N. K. Sauter, A. M. Orville, J. Kern, V. K. Yachandra and J. Yano, "
Drop-on-demand Sample Delivery for Studying Biocatalysts in Action at X-ray Free-electron Lasers",
Nat. Methods 14, 443 (2017) doi: 10.1038/nmeth.4195
I. D. Young, M. Ibrahim, R. Chatterjee, S. Gul, F. D. Fuller, S. Koroidov, A. S. Brewster, R. Tran, R. Alonso-Mori, T. Kroll, T. Michels-Clark, H. Laksmono, R. G. Sierra, C. A. Stan, R. Hussein, M. Zhang, L. Douthit, M. Kubin, C. de Lichtenberg, L. V. Pham, H. Nilsson, M. H. Cheah, D. Shevela, C. Saracini, M. A. Bean, I. Seuffert, D. Sokaras, T.-C. Weng, E. Pastor, C. Weninger, T. Fransson, L. Lassalle, P. Brauer, P. Aller, P. T. Docker, B. Andi, A. M. Orville, J. M. Glownia, S. Nelson, M. Sikorski, D. Zhu, M. S. Hunter, T. J. Lane, A. Aquila, J. E. Koglin, J. Robinson, M. Liang, S. Boutet, A. Y. Lyubimov, M. Uervirojnangkoorn, N. W. Moriarty, D. Liebschner, P. V. Afonine, D. G. Waterman, G. Evans, P. Wernet, H. Dobbek, W. I. Weis, A. T. Brunger, P. H. Zwart, P. D. Adams, A. Zouni, J. Messinger, U. Bergmann, N. K. Sauter, J. Kern, V. K. Yachandra and J. Yano, "
Structure of Photosystem II and Substrate Binding at Room Temperature",
Nature 540, 453 (2016) doi: 10.1038/nature20161
